Theo Điều 25, Nghị định số 201/2013/NĐ-CP:

1. Việc thu hồi giấy phép được thực hiện trong các trường hợp sau đây:

a) Chủ giấy phép bị phát hiện giả mạo tài liệu, kê khai không trung thực các nội dung trong hồ sơ đề nghị cấp giấy phép hoặc sửa chữa làm sai lệch nội dung của giấy phép;

b) Tổ chức là chủ giấy phép bị giải thể hoặc bị tòa án tuyên bố phá sản; cá nhân là chủ giấy phép bị chết, bị tòa án tuyên bố là đã chết, bị mất năng lực hành vi dân sự hoặc bị tuyên bố mất tích;

c) Chủ giấy phép vi phạm quyết định đình chỉ hiệu lực của giấy phép, tái phạm hoặc vi phạm nhiều lần các quy định của giấy phép;

d) Giấy phép được cấp không đúng thẩm quyền;

đ) Khi cơ quan nhà nước có thẩm quyền quyết định thu hồi giấy phép vì lý do quốc phòng, an ninh hoặc vì lợi ích quốc gia, lợi ích công cộng;

e) Giấy phép đã được cấp nhưng chủ giấy phép không thực hiện nghĩa vụ tài chính và nhận giấy phép.

2. Trường hợp giấy phép bị thu hồi quy định tại Điểm a, Điểm c Khoản 1 Điều này, chủ giấy phép chỉ được xem xét cấp giấy phép mới sau ba (03) năm, kể từ ngày giấy phép bị thu hồi sau khi đã thực hiện đầy đủ các nghĩa vụ liên quan đến việc thu hồi giấy phép cũ.

3. Trường hợp giấy phép bị thu hồi quy định tại Điểm d Khoản 1 Điều này, cơ quan nhà nước có thẩm quyền cấp phép xem xét việc cấp giấy phép mới.

4. Trường hợp giấy phép bị thu hồi quy định tại Điểm đ Khoản 1 Điều này thì chủ giấy phép được nhà nước bồi thường thiệt hại, hoàn trả tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước theo quy định của pháp luật.